উনিশের লোকসভা নির্বাচনের সময় থেকেই একাধিক বিতর্কিত মন্তব্যের জন্য বারবার শিরোনামে এসেছেন তিনি।সেসময় নির্বাচনী প্রচারে ক্রমাগত সাম্প্রদায়িক উস্কানিমূলক মন্তব্য করার জন্য কমিশনের কোপের মুখেও পড়তে হয়েছিল তাঁকে। এবার ফের বিতর্ক বাঁধালেন বিজেপি সাংসদ তথা মালেগাঁও বিস্ফোরণকাণ্ডের অন্যতম অভিযুক্ত প্রজ্ঞা সিং ঠাকুর। মুম্বই সন্ত্রাসবাদী হামলার সময় কীভাবে মহানগরীকে কাসব বাহিনীর জঙ্গী তাণ্ডব থেকে রক্ষা করতে বুক পেতে গুলি খেয়েছিলেন তিনি, তা দেশবাসী জানে। কিন্তু মহারাষ্ট্র সন্ত্রাস দমনকারী শাখার (এটিএস) প্রাক্তন প্রধান হেমন্ত কারকারেকে দেশপ্রেমিক বলা নিয়ে প্রশ্ন তুলেছেন ভোপালের সাংসদ।
২০০৮ সালের মালেগাঁও বিস্ফোরণ মামলার তদন্ত করেছিলেন কারকারে। সেই মামলায় অভিযুক্ত প্রজ্ঞার দাবি, জিজ্ঞাসাবাদের সময় তাঁর ওপর অত্যাচার করেছিলেন কারকারে। মধ্যপ্রদেশে এক অনুষ্ঠানে প্রজ্ঞা বলেছেন, তাঁকে ২০০৮ সালে যখন এক মিথ্যা মামলায় গ্রেফতার করা হয়, একটা জরুরি অবস্থার মতো পরিস্থিতি ছিল। তদন্তের সময় কারকারে আমার ক্লাস এইটের শিক্ষকের আঙুল ভেঙে দিয়েছিলেন। ছাত্রাবস্থায় আমি কী করতাম, প্রশ্ন করেছিলেন। মিথ্যা মামলা সাজাতে, মিথ্যা তথ্য জোগাড় করতেই এমন করা হয়েছিল বলে অভিযোগ করেন প্রজ্ঞা। বলেন, প্রকৃত দেশপ্রেমিকরা কখনই কারকারেকে দেশপ্রেমিক বলবেন না।
